โปรตีนตัวแรกที่จัดลำดับคืออินซูลิน

โปรตีนได้รับการอธิบายและตั้งชื่อเป็นครั้งแรกโดยนักเคมีชาวสวีเดน Jöns Jakob Berzelius ในปี พ.ศ. 2381 อย่างไรก็ตาม บทบาทหลักของโปรตีนในสิ่งมีชีวิตยังไม่ได้รับการชื่นชมอย่างเต็มที่จนกระทั่งปี พ.ศ. 2469 เมื่อเจมส์ บี. ซัมเนอร์แสดงให้เห็นว่าเอนไซม์ยูรีเอสเป็น โปรตีน โปรตีนตัวแรกที่จัดลำดับคืออินซูลิน โดย Frederick Sanger ผู้ได้รับรางวัลโนเบลจากความสำเร็จนี้ในปี 1958 โครงสร้างโปรตีนตัวแรกที่แก้ไขได้คือ hemoglobin และ myoglobin โดย Max Perutz และ Sir John Cowdery Kendrew ตามลำดับ ในปี 1958 โครงสร้างสามมิติของโปรตีนทั้งสองถูกกำหนดโดยการวิเคราะห์การเลี้ยวเบนของรังสีเอกซ์ Perutz และ Kendrew แบ่งปันรางวัลโนเบลสาขาเคมีในปี 1962 สำหรับการค้นพบเหล่านี้ โปรตีนอาจถูกทำให้บริสุทธิ์จากส่วนประกอบของเซลล์อื่นๆ โดยใช้เทคนิคต่างๆ เช่น การปั่นเหวี่ยงแบบอุลตร้า การตกตะกอน อิเล็กโตรโฟรีซิส และโครมาโทกราฟี การถือกำเนิดของพันธุวิศวกรรมทำให้มีวิธีการหลายอย่างที่เอื้อต่อการทำให้บริสุทธิ์ วิธีการที่ใช้กันทั่วไปในการศึกษาโครงสร้างและการทำงานของโปรตีน ได้แก่ อิมมูโนฮิสโตเคมี การกลายพันธุ์แบบกำหนดตำแหน่ง และแมสสเปกโตรเมตรี